Tổng cục Phản gián (-6.2001)

Tổng cục An ninh nhân dân (7.2001-12.2009)

• 7.2001-9.2001, Thi Văn Tám, Trung tướng, Thượng tướng, Quyền Tổng cục trưởng
• 10.2001-3.2006, Thi Văn Tám, Trung tướng, Thượng tướng, Thứ trưởng Bộ Công an
• 4.2006-12.2007, Nguyễn Văn Hưởng, Thiếu tướng, Thượng tướng, Thứ trưởng Bộ Công an
• 11.2007-1.2010 Phạm Dũng, Thiếu tướng (2005),[33] Trung tướng, Trưởng ban Tôn giáo Chính phủ, Thứ trưởng Bộ Nội vụ.
• Trịnh Lương Hy, Trung tướng

Tổng cục An ninh 1 (1.2010-11.2014)

• 1.2010-8.2010, Tô Lâm, Trung tướng (2010), Thượng tướng (2014), Đại tướng (2019) Thứ trưởng Bộ Công an, Bộ trưởng Bộ Công an
• 9.2010-3.2011, Nguyễn Chí Thành, Thiếu tướng, Trung tướng, Quyền Tổng cục trưởng.
• 4.2011-11.2014, Nguyễn Chí Thành, Thiếu tướng, Trung tướng.[34]

Tổng cục An ninh 2 (1.2010-11.2014)

• 1.2010-2.2012, Phạm Dũng, Trung tướng, Thứ trưởng Bộ Nội vụ kiêm Trưởng ban Tôn giáo Chính phủ[35]
• 2.2012-11.2014, Hoàng Kông Tư, Trung tướng, Quyền Tổng cục trưởng.

Tổng cục An ninh (12.2014 đến 2018)

• 12/2014-2018, Nguyễn Chí Thành, Trung tướng, Tổng cục trưởng Tổng cục An ninh.